本校學校特色依國際、科技、創意、品格、人文、藝術六大願景出發，落實深耕如下：
養學生成為兼具「人文」底蘊、「藝術」涵養與「科技」能力的全方位「國際」觀人才，期能帶來「感動」與創新「創意」，並促進社會邁向共好。
國際 International–奠基全球素養的起點，從在地邁向全球的國際視野培育計畫
- 跨部合作──以「國際教育縱向銜接」為核心，建構從國小到高中的一貫國際學習藍圖，在十二年學習歷程中逐步建立國際視野，形成完整的國際學習脈絡–
國小部：語言啟蒙 × 文化理解 × 生活國際力
國中部：國際啟蒙 × 世界文化 × 英語溝通力
高中部：全球議題 × 跨國合作 × 學術國際力 - 拓展與更多國家學校的跨國課程合作。
- 深化國際同步課程與跨文化專題研究。
- 增進學生海外研習、參訪與短期交換的機會。
- 結合 SDGs 設計具全球社會責任的課程內容。
- 雙語部於 2016 、2022連續榮獲 WASC 六年國際認證資格。
- 管樂團暑期至海外參加國際音樂營交流，並接待日本學校來台進行台日交流音樂會。
科技 Technology–AI 雙軌優化課程，培育國家未來科技人才
- 提升課綱課程計畫，精緻化校本課程(南科學及科學閱讀)、多元選修課程。
- 辦理專家諮詢會議，邀請專家學者教授到校指導，研議將機器人、AI等納入奧林匹亞競賽之可行性。
- 增進教師課程協作與教學能力，邀請大學端專家教授講授有關奧林匹亞學科競賽及數理科競賽等教師增能及探究與實作教學之增能研習。
- 發展機器人人才培育為學校特色課程，參與或辦理相關競賽及活動。高中：FRC競賽、國中：FTC競賽、國小：FLL競賽
創意 Creativity–103-105 年高瞻計畫「特優高瞻學校」
- 高瞻計畫發展生物科技課程「DNA 萃取」、「葉綠素萃取」、「聚苯乙烯回收」創新教學模組，推廣至全國 22 所高中職。
- 專題探究課程成果豐碩，學校定期辦理遠哲科學競賽、創意綠能科技競賽，並受邀赴日參加 KISF 科學論壇、筑波科展。
- 2013 年榮獲太陽能車創意環保競速競賽冠軍及 2015 國際青少年發明展銀牌獎。
- 科技資訊創意無限，學生榮獲 2016「國際學校網界博覽會地方觀光資源類金獎」及「邢禹倩老師紀念特別獎」。
- 落實藝文課程多元發展，國中學生 104 年榮獲全國學生創意戲劇比賽手套偶戲組特優，並獲舞台設計最佳創意獎。
- 102 及 104 學年度參與「百世盃孝道創意表演競賽」全國決賽，榮獲銅鶴獎。
品格 Character–104 年度國家防災日地震避難演練高中職校績優學校
- 落實品德深耕， 101~105 年連續獲教育部補助辦理品德教育推廣與深耕學校計畫經費補助(每年 10 萬元)。
- 落實感恩關懷教育，如 311 日本賑災義賣近 30 萬元捐助日本災區、送舊鞋到肯亞。
- 固定辦理感恩惜福義賣園遊會及音樂會、募款募物資活動，義助社區華山基金會、創世基金會、伊甸基金會、家扶中心等愛心團體。
- 響應安德烈食物銀行、世界展望會飢餓三十及南科愛心月系列活動。
- 校外志工服務學習，雙語扶少團偏鄉服務，啟智學校、仁愛之家、養老院服務、掃街、淨山及淨灘活動等。
人文 Humanity–105 年榮獲第三屆教育部藝術教育貢獻獎績優學校
- 全國第一所鑽石級綠建築高中，為綠建築典範學校，每年接待外國貴賓參訪，參訪人數近四千人。
- 發行手繪南科『十全實美』手繪書，收錄全校四部學生優秀作品，為本校第一本正式出版品。
- 音樂團體校外競賽表現亮眼！102-105 管樂團高、國、小三部同步進軍全國賽，榮獲特優！ 104-105 合唱團入全國賽，表現優異。
- 藝文科發展多元課程，透過「藍曬圖」、「戶外寫生」、「垃圾藝術」、「都市偵探」、「文創設計」辦理系列設計作品展覽。
- 落實藝文課程多元發展，國中學生 104 年榮獲全國學生創意戲劇比賽手套偶戲組特優。
- 本校網球校隊年年打入台南市中等學校運動會與全國中等學校運動會團體前六名， 2015 及 2016 年分獲個人單打銅牌殊榮。
- 爭取教育部國教署校園美感空間改造計畫補助改善國中部閱讀空間，又與南藝大材質創作系合作國小部閱讀空間改造，建置閱讀教 室與閱讀角，積極推動閱讀教育，推廣境教閱讀美學。
- 每年辦理職業達人講座，開啟學生職業試探與多元視野。
